組織單位架構說明如下：

1. 勞動部勞動基金運用局組織下設有局長1人、副局長2人、主任秘書1人、5個業務單位及4個輔助單位。
2. 業務單位為企劃稽核組、國內投資組、國外投資組、財務管理組、風險控管組。
3. 輔助單位為秘書室、人事室、政風室、主計室。
4. 企劃稽核組內設置企劃研究科、綜合管考科、業務稽核科。
5. 國內投資組內設置委託經營科、自行經營一科、自行經營二科。
6. 國外投資組內設置自行經營科、固定收益委外科、權益證券委外科。
7. 財務管理組內設置保管科、資金運用科、統計帳務科。
8. 風險控管組內設置風險控管科、資產配置科、資訊處理科。