為掌理勞動基金之投資管理業務，目前本局內部組織依各組室功能別，設有「國內投資組」、「國外投資組」、「風險控管組」、「財務管理組」及「企劃稽核組」等五個業務組，以及四個輔助單位包含秘書室、人事室、主計室及政風室。在國內外投資流程中，藉由前台專業投資、中台風險管控、後台帳務保管，配合內外部稽核等分工，以有效整合資源，提昇運用效能，並確保基金安全。