各經管基金因其屬性、風險承受度及法規限制等因素不同，可投資標的及資產配置情形亦有所差異。如新、舊制勞工退休、勞工保險、國民年金保險及農民退休等基金，為衡平基金投資風險與效益，可投資運用項目較為多元，包含國內外存款、債券、權益證券、另類投資等；而積欠工資墊償、就業保險、勞工職業災害保險等基金受法規與風險承受程度等限制，國內、外投資項目配置不同，因此績效略有差異。